南昆山自然保护区总面积1750公顷，地跨广东省龙门、从化、增城，正处于北回归带内，气候温暧湿润，属南亚热带季风气候，主要保护对象为南亚热带常绿阔叶林和珍稀动植物，是珠江三角洲大面积保存较好的森林和野生动植物生态类型自然保护区，距广州市最近。
保护区内共有高等植物1107种，，其中药用植物500多种、观赏植物100多种，动物153种，在一个大石岩中仅蝙蝠就有近万只，颇似一个天然动物园。其中列入国家一级、二级、三级重点保护的珍稀濒危野生动植物24种，如云豺、华南虎、鼋、穿山甲、大小灵猫、白鹇、福建柏、观光木、格木、粘木等。省级重点保护植物有秀丽锥。
龙门南昆山省级自然保护区为大城市边沿的森林生态系统类型自然保护区，生态旅游资源得天独厚，是广东省自然保护区建设的重点形象工程，列入广东省政府实施的《广东省自然保护区建设发展规划(2000-2009年)》的国家级自然保护区建设项目。
